پس از انقضای مواعد (مهلت ها) مذکور در ماده (3) این قانون، صورتحساب هایی که در سامانه مودیان ثبت نشده باشد معتبر نبوده و قابل استناد در مراجع دادرسی مالیاتی نخواهد بود.

تبصره 1- ذی حسابان و مدیران مالی دستگاه های اجرائی موضوع ماده (5) قانون مدیریت خدمات کشوری مصوب 1386/7/8 و اصلاحات و الحاقات بعدی آن مکلفند در پذیرش اسناد هزینه ­ای، مفاد این ماده را رعایت کنند.

تبصره 2- سازمان مکلف است امکان راستی آزمایی صورتحساب های موضوع این ماده را برای خزانه داری کل، دیوان محاسبات کشور و سایر دستگاه های نظارتی حسب مورد فراهم کند.

تبصره 3- صورت‌حساب‌های مشمولان تبصره (1) ماده (2) این قانون از حکم این ماده مستثنی هستند.

تبصره 4- اشخاص موضوع ماده (12) قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب 1400/3/2 با اصلاحات و الحاقات بعدی که حجم معاملات سالانه آنها از مبلغ تعیین شده مطابق ماده مذکور کمتر باشد، می توانند از معافیت موضوع ماده (14) مکرر این قانون استفاده کنند و در غیر این صورت مکلف به صدور صورتحساب الکترونیکی در سامانه مودیان هستند و مشمول حکم این ماده می شوند.

تبصره 5- سازمان موظف است صرفا هزینه های دارای صورتحساب الکترونیکی را به عنوان هزینه های قابل قبول مالیاتی موضوع فصل دوم باب چهارم قانون مالیات های مستقیم بپذیرد. مودیان می توانند مشروط به اعلام هزینه های فاقد صورتحساب الکترونیکی به عنوان هزینه قابل قبول مالیاتی از طریق کارپوشه تجاری، نسبت به ثبت اعتراض به مالیات متعلق اقدام نمایند. سازمان موظف است هزینه های اعلام شده توسط مودی از طریق کارپوشه تجاری را مورد رسیدگی قرار دهد. عدم رسیدگی به موارد فوق بر اساس احکام موضوع مواد (156) و (157) قانون مالیات های مستقیم توسط سازمان به منزله تایید هزینه های اعلام شده به عنوان هزینه قابل قبول مالیاتی است. همچنین در صورتی که این موارد از طریق کارپوشه تجاری به تایید فروشنده برسد، فروشنده تکلیفی برای صدور صورتحساب الکترونیکی ندارد و مشمول جریمه های مربوط به عدم صدور صورتحساب الکترونیکی نمی شود.

تبصره 6- هزینه های مودیانی نظیر عرضه کنندگان کالاهای مستعمل که به دلیل ماهیت کسب و کار آنها، عمده خرید آنها از اشخاصی است که امکان صدور صورتحساب الکترونیکی ندارند، مشروط به اعلام مودی از طریق کارپوشه تجاری، قابل پذیرش می باشد و سازمان موظف است هزینه های فوق را مورد رسیدگی مالیاتی قرار دهد. عدم رسیدگی به موارد فوق بر اساس احکام موضوع مواد (156) و (157) قانون مالیات های مستقیم توسط سازمان به منزله تایید هزینه های اعلام شده به عنوان هزینه قابل قبول مالیاتی است. فهرست مودیان مذکور حداکثر تا پایان دی ماه هر سال برای سال بعد توسط وزارت امور اقتصادی و دارایی تعیین و اعلام می‌شود.

تبصره 7- هزینه هایی که مطابق ماده (5) این قانون امکان صدور صورتحساب صورتحساب الکترونیکی ندارند از قبیل زیان تسعیر ارز و واردات کالا و خدمات صرفا با اعلام مودی از طریق کارپوشه تجاری قابل پذیرش هستند. همچنین اشخاص تجاری مکلفند آن بخش از درآمدهای خود از قبیل صادرات و سود تسعیر ارز را که امکان صدور صورتحساب الکترونیکی مطابق ماده (5) این قانون ندارند، در سامانه مودیان ثبت نمایند؛ عدم ثبت درآمدهای مذکور، مشمول حکم ماده (9) این قانون می‌شود.