فرایند کلی ثبت معاملات و محاسبه مالیات بر ارزش افزوده در سامانه مودیان به صورت زیر است:

الف - صورتحساب الکترونیکی، توسط فروشنده از طریق سامانه مودیان صادر می شود. در مورد مودیانی که مستقیما با مصرف کننده نهائی ارتباط دارند، عملیات ثبت فروش و صدور صورتحساب الکترونیکی، توسط پایانه فروشگاهی انجام می شود.

ب - در صورتی که خریدار، مصرف کننده نهائی نبوده و خود عضو سامانه مودیان باشد، صورتحساب الکترونیکی صادرشده توسط فروشنده، به صورت خودکار به کارپوشه وی در سامانه مودیان منتقل می شود و به عنوان اعتبار مالیاتی برای او منظور می شود.

تبصره - مودیان مالیاتی مکلفند ظرف مدت سی روز از تاریخ درج صورتحساب الکترونیکی در کارپوشه مودیان نسبت به اعلام پذیرش یا عدم پذیرش این صورتحساب ها اقدام کنند. عدم اظهارنظر ظرف مدت مذکور به منزله تایید صورتحساب مربوط می باشد.

پ - در پایان هر دوره سه ماهه، بدهی مالیات بر ارزش افزوده مودی که عبارت است از مابه التفاوت مالیات فروش و مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی در طول دوره، طبق مقررات توسط سامانه محاسبه می شود. در صورتی که مالیات فروش مودی بیشتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، مودی موظف است مابه التفاوت را به ترتیبی که سازمان مقرر می کند، به حساب سازمان واریز کند. متقابلا در صورتی که مالیات فروش مودی کمتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، سازمان موظف است با رعایت ترتیبات قانونی مربوطه مابه التفاوت را به مودی مسترد کند.

ت - پس از اتمام مواعید مقرر در ماده (3) این قانون، ماموران مالیاتی جز در مواردی که در این قانون اجازه داده شده، نباید در تشخیص بدهی مالیات بر ارزش افزوده اشخاص مشمول دخالت کنند.

ث - به منظور تکمیل اطلاعات سازمان در خصوص مودیانی که عضو سامانه مودیان نبوده یا بدون صدور صورتحساب الکترونیکی اقدام به فروش می کنند، سامانه مودیان باید به گونه ای طراحی شود که مودی بتواند خریدهای خود را که فروشنده برای آنها صورتحساب الکترونیکی صادر نکرده است، به سازمان اطلاع دهد.

تبصره 1- (الحاقی مصوب 23/8/1402 قانون تسهیل تکالیف مودیان) بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران موظف است ظرف دو ماه، مطابق ساختار اعلامی توسط سازمان، به رسید پرداخت صادر شده توسط دستگاه‌های کارتخوان و گزارش الکترونیکی دریافتی از درگاه های الکترونیکی پرداخت، شماره منحصر به فرد مالیاتی تخصیص دهد و آن را در رسید یا گزارش پرداخت مذکور درج نماید. همچنین بانک مرکزی جمهوری اسلامی موظف است اطلاعات رسید یا گزارش پرداخت هر روز را حداکثر تا پایان روز بعد به سامانه مودیان منتقل کند.»

تبصره 2 - (برابر قانون تسهیل تکالیف مودیان مصوب 23/8/1402 تبصره ماده 5 به تبصره 2 تغییر داده شد) گمرک جمهوری اسلامی ایران موظف است امکان انتقال الکترونیکی و برخط اطلاعات مالیات بر ارزش افزوده پرداخت شده توسط واردکنندگان را به سامانه مودیان از طریق مرکز ملی تبادل اطلاعات فراهم کند.

تبصره 3- (الحاقی مصوب 23/8/1402 قانون تسهیل تکالیف مودیان) کلیه دستگاه‌های اجرایی موضوع ماده (29) قانون برنامه پنجساله ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران مصوب 14/12/1395 و ماده (5) قانون مدیریت خدمات کشوری و سازمان‌های وابسته به آنها که حسب مقررات قانونی متولی رصد و دریافت اطلاعات مربوط به جریان کالا و خدمات از مبادی تولید و واردات تا سطح خرده فروشی از طریق سامانه‌های دولتی از قبیل سامانه جامع تجارت ایران و سامانه ثبت الکترونیکی معاملات نفتی (ثامن) موضوع قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز مصوب 3/10/1392 با اصلاحات و الحاقات بعدی می‌باشند، موظفند با رعایت الزامات صدور صورتحساب الکترونیکی موضوع این قانون اطلاعات مذکور را به ترتیبی که سازمان مقرر می‌کند به سامانه مودیان منتقل کنند. در این صورت مودیان تکلیفی در خصوص ثبت مجدد اطلاعات یا صدور مجدد صورتحساب الکترونیکی معاملات مذکور ندارند.