در طی سال های 1399-1395. موضوعات زیر. مسائل محوری برنامه می باشد که طرح ها و پروژه های مرتبط با آنها و همچنین برنامه ها و پروژه های مصوب ستاد فرماندهی اقتصاد مقاومتی در بودجه ریزی سالانه از اولویت برخوردار خواهند بود.
1- موضوعات خاص راهبردی شامل آب و محیط زیست
2-موضوعات خاص مکان محور شامل توسعه سواحل مکران و حاشیه شهرها
3-موضوعات خاص بخشی پیشروی اقتصاد شامل معدن و صنایع معدنی. گردشگری. ترانزیت و حمل و نقل ریلی. فناوری اطلاعات و ارتباطات. انرژی