الف‌ مواد ‏‏(161)، (162)، (167)، (169مکرر)، (171)، تبصره (1) ماده‌ (177)، (178)، (182)، ‏‏(186) و تبصره (1) آن، (191)، (198)، (202)، احکام مربوط به فصل هشتم باب چهارم و مواد (210) تا (216)، (218)، (219)، (231)، (232)، (235)، (242)، (243)، احکام مربوط به فصل سوم باب پنجم، مواد (257)، (274) منهای بند (3) آن، (275)، (276)، (277) و (279) قانون ‏مالیات‌های مستقیم در مورد این ‏قانون جاری است. احکام مربوط به درآمد مشمول مالیات در مواد فوق، در مورد محاسبه ماخذ مالیات بر ارزش افزوده نیز جاری است. احکام فصل سوم باب پنجم قانون مالیات های مستقیم در خصوص مواد (29) و (32) این قانون جاری نمی باشد.

تبصره 1 شناسایی، تشخیص درآمد مشمول مالیات و رسیدگی موضوع ماده‌ (219) قانون مالیات‌های مستقیم در مورد مودیان قابل اعتماد موضوع قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان جاری نمی‌باشد. این حکم شامل مواردی که سازمان براساس ماده‌ (14) این قانون و تبصره (1) ماده‌ (19) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان اجازه رسیدگی به اظهارنامه‌های مالیاتی مودیان را دارد، نمی‌باشد. در هر صورت مفاد ماده (219) قانون مالیات‌های مستقیم نباید مانع اجرای احکام موضوع قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان شود.

تبصره 2 در خصوص مودیان عضو سامانه مودیان، سازمان مکلف است اوراق ابلاغ شده به مودی را در کارپوشه وی نیز بارگذاری نماید.

تبصره 3 به منظور رسیدگی به پرونده‌های قابل طرح این قانون در شورای‌عالی مالیاتی، تعداد شعب شورای مذکور به دو برابر افزایش می‌یابد.

ب‌ در صورت عدم عضویت مودیان در سامانه مودیان مواد (97)، (169)، (181)، (230) و بند (3) ماده ‌(274) قانون مالیات‌های مستقیم در مورد مالیات‌های این قانون، جاری است.

تبصره  ماده‌ (272) قانون مالیات‌های مستقیم و تبصره‌های آن تا قبل از اتمام مهلت مقرر در ماده ‌(3) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، در مورد مالیات‌های این قانون جاری است.