رئیس سازمان قضایی علاوه بر ریاست اداری و نظارت بر کلیه سازمان های قضایی استان ها. ریاست شعبه اول دادگاه تجدیدنظر نظامی استان تهران را نیز برعهده دارد و می تواند یک نفر قائم مقام و به تعداد لازم معاون داشته باشد.
تبصره ایجاد تشکیلات قضایی و اداری در سازمان قضایی و انتصاب قضات سازمان همچنین تغییر سمت یا محل خدمت آنان با رعایت اصل یکصد و شصت و چهارم (164) قانون اساسی به تشخیص رئیس قوه قضاییه است. رئیس سازمان قضایی می تواند پیشنهادهای خود را در موارد مزبور به رئیس قوه قضاییه ارائه نماید.