ماموریت نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران به شرح زیر میباشد:
الف - پاسداری از آبهای سرزمینی. فلات قاره و مناطق انحصاری. اقتصادی و جزایر کشور در برابر هر گونه تجاوز نظامی خارجی.
ب - حضور مستمر. کنترل و تامین امنیت خطوط مواصلات دریایی خودی و جلوگیری از استفاده غیر مجاز بیگانگان از مناطق دریایی مذکور دربند فوق.
ج - دفع و سرکوبی هر گونه تجاوز نظامی به حاکمیت. حقوق و منافع کشور در مناطق مذکور در بند الف و انهدام تاسیسات دریایی دشمن بنا بهدستور.
د - کنترل تردد کشتیها در خلیج فارس و دریای عمان و بازرسی کشتیهای مشکوک در مواقع لزوم بنا به دستور.
ه - سازماندهی. تجهیز و آموزش یگانهای دریایی جهت اجرای ماموریتهای محوله.
و - تهیه طرح نیازمندیهای لجستیکی و اقدام در جهت تهیه و خرید اقلام و خدماتی که به عهده نیروی دریایی بوده و اقلام مشترک داخلی که به آنواگذار میگردد.
ز - انجام پژوهش و تحقیقات لازم در کلیه زمینهها جهت نیل به خودکفایی.
ح - تامین دفاع هوایی کلیه یگانها. تاسیسات و نقاط حساس مربوط. جزایر و تاسیسات دریایی در حد برد سلاح ضد هوایی سازمانی خود باهماهنگی و کنترل کلی عملیاتی نیروی هوایی.
ط - تامین و حفاظت تاسیسات و پادگانهای مربوط.
ی - تامین نیازهای پزشکی پرسنل نیروی دریایی و اداره بیمارستانها و درمانگاههای مربوط.