از بین اعضاء اصلی کمیسیون رسیدگی به اختلافات یک نفر رئیس و یک نفر نایب رئیس در اولین جلسه کمیسیون با رای مخفی انتخاب و با حکم رئیس کل گمرک منصوب می شوند.