مرجع رسیدگی به اختلافات گمرکی در تشخیص تعرفه. ارزش کالا. جریمه ها به غیر از موارد قاچاق گمرکی. قوه قهریه (فورس ماژور) و مقررات گمرکی. کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی است. این کمیسیون مرکب از اشخاص ذیل است:
الف - چهار نفر عضو اصلی از کارمندان گمرک ایران
ب - دو نفر عضو اصلی از کارمندان وزارت صنعت. معدن و تجارت
پ - یک نفر عضو اصلی از کارمندان وزارت امور اقتصادی و دارایی
ت - یک نفر عضو اصلی به عنوان نماینده اتاق بازرگانی و صنایع و معادن ایران
ث - یک نفر عضو اصلی به عنوان نماینده اتاق تعاون
تبصره 1 - اعضاء کمیسیون. از میان افراد مطلع به امور گمرکی توسط دستگاههای مزبور انتخاب می شوند.
تبصره 2 - اعضاء کمیسیون هم طراز مدیرکل تلقی می شوند و باید حداقل دارای پانزده سال سابقه کاری مرتبط باشند و توسط رئیس گمرک ایران. وزراء مربوطه و روساء اتاق های مذکور انتخاب شوند.
تبصره 3 - به همراه هریک از اعضاء اصلی یک نفر نیز به عنوان عضو علی البدل معرفی می شود.
تبصره 4 - رای کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی لازم الاجراء است مگر در مواردی که مبلغ مابه التفاوت بین نظر گمرک و مورد قبول مودی و یا ارزش گمرکی کالایی که اختلاف درخصوص شرایط ورود و صدور آن است. بیش از پنجاه میلیون (50. 000. 000) ریال باشد که در این صورت مودی می تواند ظرف بیست روز از تاریخ ابلاغ رای تقاضای ارجاع امر به کمیسیون تجدیدنظر را بنماید.
تبصره 5 - اختلافات اشخاص با گمرک ها به درخواست مودی ابتدا در واحدهای ستادی گمرک ایران مورد اظهارنظر قرار می گیرد و در صورتی که مودی به اعتراض خود باقی باشد پرونده از طرف رئیس کل گمرک ایران و یا شخصی که به حکم وی به طور کتبی تعیین می گردد به کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی احاله می شود. برای طرح اختلاف در کمیسیون مذکور صاحب کالا باید معادل نیم درصد (5/0%) مبلغ مورد اختلاف را به عنوان حق رسیدگی به صورت سپرده پرداخت نماید. در صورتی که رای صادره به وسیله کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی در تایید نظریه گمرک باشد مبلغ مذکور به درآمد قطعی منظور می گردد لکن در صورتی که رای به نفع صاحب کالا باشد یا اینکه با درخواست صاحب کالا اختلاف به کمیسیون تجدیدنظر احاله شود و رای کمیسیون فوق به نفع صاحب کالا باشد. مبلغ سپرده مسترد می گردد. اختلافات مربوط به قاچاق گمرکی در مراجع صالحه رسیدگی می شود.
تبصره 6 - کمیسیون در مورد استعلام تعرفه و اظهارنظر در مورد طرح ها و گزارش هایی که از طرف رئیس کل گمرک ارجاع می شود نظر مشورتی می دهد. در مواردی که در اجرای ماده (43) این قانون تعیین تعرفه شود برای گمرک لازم الاجراء است.
تبصره 7 - در مواردی که در حین رسیدگی به پرونده ها. کمیسیون با مواردی غیر از موضوع اختلاف مواجه گردد. مراتب به رئیس کل گمرک ایران منعکس می شود.
تبصره 8 - جلسات کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی حداقل با حضور شش نفر از اعضاء رسمیت می یابد و مصوبات آن با رای اکثریت کل اعضاء (حداقل پنج نفر) معتبر است.
تبصره 9 - دلایل. توجیهات و مستندات رای باید در متن آن تصریح گردیده و نظرات اقلیت در آن ذکر گردد.