به منظور ساماندهی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی و ایفاء نقش موثر آنها در تحقق اهداف سند چشمانداز بیست ساله نظام. اعمال مدیریت یکپارچه و ایجاد رشد اقتصادی مناسب در این مناطق. همپیوندی و تعامل اثرگذار اقتصاد ملی با اقتصاد جهانی و ارائه الگوی توسعه ملی در بخشهای مختلف:

الف - مدیران سازمانهای مناطق آزاد به نمایندگی از طرف دولت. بالاترین مقام منطقه محسوب میشوند و کلیه وظایف. اختیارات و مسوولیتهای دستگاههای اجرائی دولتی مستقر در این مناطق به استثناء نهادهای دفاعی و امنیتی به عهده آنها است. سازمانهای مناطق آزاد منحصرا براساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی و اصلاحات بعدی آن و قانون کار اداره میشوند.

تبصره 1 - واگذاری وظایف. اختیارات و مسوولیتهای دستگاههای تحت نظر مقام معظم رهبری. با موافقت ایشان صورت میپذیرد.

تبصره 2 - اختیارات فرماندار در مورد مصوبات شوراهای اسلامی شهر و روستا در مناطق آزاد به مدیر سازمان منطقه آزاد واگذار میشود.

ب - کالاهای تولید و یا پردازش شده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به هنگام ورود به سایر نقاط کشور به نسبت مجموع ارزش افزوده و ارزش مواد اولیه و قطعات داخلی بهکار رفته در آن. تولید داخلی محسوب و از پرداخت حقوق ورودی معاف است.

تبصره 1 - مواد اولیه و کالاهای واسطهای خارجی به کار رفته در تولید. مشروط بهپرداخت حقوق ورودی. در حکم مواد اولیه و کالاهای داخلی محسوب میشود.

تبصره 2 - مواد اولیه و قطعات خارجی به کار رفته در کالاهای تولید و یا پردازششده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی که در گذشته از سایر نقاط کشور به منطقه ارسالشده و در تولید و یا پردازش محصولی که به کشور وارد میشود. به کار گرفته شود در حکم مواد اولیه تلقی میگردد و از پرداخت حقوق ورودی معاف است.

ج - هزینههای بندری مربوط که طبق قوانین جاری از کشتیها و شناورها بابت خدمات بندری دریافت میشود در صورتی که این بنادر توسط بخشهای خصوصی. تعاونی و مناطق آزاد تجاری - صنعتی در محدوده منطقه آزاد ایجاد شده باشند. توسط سازمانهای مناطق آزاد مربوطه اخذ میگردد. مناطق آزاد مجازند نسبت به ثبت و ترخیص کشتیها طبق قوانین جاری و بینالمللی اقدام نمایند.

د - مبادلات کالا بین مناطق آزاد و خارج از کشور و نیز سایر مناطق آزاد از کلیه عوارض (به استثناء عوارض موضوع ماده (10) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب 7/6/1372) . مالیات و حقوق ورودی معاف میباشند.

ه - - به منظور گسترش ارتباطات علمی با مراکز و نهادهای آموزشی و تحقیقاتی معتبر بینالمللی. ایجاد نمایندگی دانشگاههای داخلی و معتبر خارجی بر طبق اعلام وزارتخانههای ذیربط و تاسیس دانشگاههای خصوصی در مناطق آزاد تجاری - صنعتی و ویژه اقتصادی با رعایت قوانین مربوط مجاز است.

و - محدوده آبی مناطق آزاد تجاری - صنعتی با رعایت ملاحظات امنیتی و دفاعی که به تایید ستاد کل میرسد به فاصله هشتصد متر از قلمرو خاکی مناطق آزاد تعیین میگردد و از امتیازات قانون "چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی ایران" مصوب 7/6/1372 و اصلاحات بعدی آن برخوردار است.

ز - به منظور زدودن فقر از چهره مناطق آزاد تجاری. سازمانهای مناطق آزاد موظفند حداقل یکدرصد (1%) از محل وصول عوارض ورود و صدور کالاها و خدمات این مناطق را از طریق نهادهای حمایتی به محرومین و نیازمندان بومی این مناطق اختصاص دهند.